參數序列比對算法研究

序列比對是生物信息學中的一項重要任務,通過序列比對可以發(fā)現生物序列中的功能、結構和進化的信息.序列比對結果的生物學意義與所選擇的匹配、不匹配、插入和刪除以及空隙的罰分函數密切相關.現介紹一種參數序列比對方法,該方法把最佳比對作為權值和罰分的函數,可以系統(tǒng)地得到參數的選擇對最佳比對結果的影響.然后將其應用于RNA序列比對,分析不同的參數選擇對序列比對結果的影響.最后指出參數序列比對算法的應用以及未來的發(fā)展方向.

作 者： 張濤濤 郭茂祖 鄒權 ZHANG Tao-tao GUO Mao-zu ZOU Quan   作者單位： 哈爾濱工業(yè)大學計算機科學與技術學院,哈爾濱,150001  刊 名： 生物信息學  ISTIC 英文刊名： CHINA JOURNAL OF BIOINFORMATICS  年，卷(期)： 2008 6(2)  分類號： Q1  關鍵詞： 參數序列比對   多邊形分解   牛頓射線搜索算法   參數空間  

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